El Prorrector/a es una autoridad unipersonal nombrado/a por el Rector de entre los académicos/as Jornada Completa, perteneciente a las dos más altas jerarquías de la Universidad y durará en sus funciones por el tiempo que el Rector determine. Serán funciones de la Prorrectoría de la Universidad de Los Lagos:
Prorectora
Directora de Pueblos Originarios
Directora
Director de Gestión, Promoción y Aseguramiento de la Calidad
Director
Jefa de Unidad de Desarrollo Organizacional
Jefa de Unidad