La estructura organizacional de la Universidad de Los Lagos fue definida en su creación por el Decreto con Fuerza de Ley Nº1 del año 1994 que aprueba su Estatuto Orgánico, en el cual se identifican y describen los principales órganos de gobierno y estructuras académicas y administrativas de la institución.
En la última década, la Universidad ha robustecido su institucionalidad, fortaleciendo sus distintas áreas de desarrollo y garantizando un marco de estabilidad para la gestión académica y administrativa. Ello ha sido posible gracias al establecimiento de políticas y procedimientos que guían el accionar del gobierno universitario y de las unidades que operan en los distintos niveles organizacionales. De este modo, se ha avanzado considerablemente en la modernización de la gestión, generando mejores condiciones para el desarrollo de la Universidad y de las personas que en ella trabajan.
La Universidad tiene su Casa Central en la ciudad de Osorno, lugar donde radica la Rectoría, Prorrectoría y las Vicerrectorías Académica, de Administración y Finanzas, de Planificación y Desarrollo y de Investigación y Postgrado. La Prorrectoría tiene la función de modernizar la gestión académica y administrativa de la Universidad. En Puerto Montt se cuenta con una Vicerrectoría de Campus, cuya función es coordinar la implementación de políticas institucionales y organizar la gestión académica y administrativa en dicha ciudad. Por su parte, en las Sedes Chiloé y Santiago existe una Dirección responsable de la gestión académica y administrativa de dichas unidades.
La gestión en los Campus y Sedes es coherente con una estructura matricial, lo que implica que las Direcciones y Unidades que operan fuera de la Casa Central dependen administrativamente de su autoridad local, pero obedecen a los lineamientos estratégicos y funcionales de las Direcciones Centrales correspondientes. La coordinación funcional con las unidades centrales se resguarda a través del sistema de planificación y control de gestión, tanto a nivel académico como administrativo. Esto ha permitido descentralizar algunos aspectos de la gestión, dar mayor agilidad a los procesos, y facilitar el cumplimiento de los propósitos institucionales.