El Departamento de Acuicultura y Recursos Agroalimentarios surge a partir de la fusión del Departamento de Acuicultura y Recursos Acuáticos con el Departamento de Ciencia y Tecnología de los Alimentos. Esta nueva unidad fue ratificada por el Consejo Superior, luego legalizada a través del Decreto Universitario N° 576, promulgado el 20 de marzo del 2012. Es una unidad de carácter multidisciplinario dedicada a la generación y transmisión de conocimiento aportando al desarrollo de la Región de Los Lagos, efectuando docencia de pregrado, investigación básica y aplicada, desarrollo tecnológico e innovación (I+D+i) en las áreas de acuicultura, recursos marinos y recursos agroalimentarios, desarrollando vinculación con el medio a través de la docencia, investigación y la generación de nuevos productos, procesos, servicios y transferencia tecnológica en un marco valórico de respeto al medio ambiente, la ética, el pluralismo, la tolerancia y la inclusión.
El Departamento de Ciencias Administrativas y Económicas, es denominado así según Decreto Universitario Nº 1071 del año 1997. Sin embargo, su historia tiene larga data y es la continuación del Departamento de Ciencias Sociales y Administrativas del Centro Regional Universitario, Universidad de Chile (1964-1981) y Departamento de Ciencias Sociales del Instituto Profesional de Osorno (1981-1993).
El Departamento de Ciencias Biológicas y Biodiversidad nace como proyecto académico en el año 1992, inicialmente como Departamento de Ciencias Básicas, siendo posteriormente decretada su dependencia de Vicerrectoría Académica de la recién creada Universidad de Los Lagos (Decreto Afecto N° 308 de 1994 y Decreto Universitario N° 1071 de 1997). En su inicio el Departamento agrupó a profesores provenientes de los Departamentos de Química y Alimentos, de Educación y Ciencias, y de Acuicultura y Recursos Acuáticos del ex Instituto Profesional de Osorno. En octubre de 2012 esta unidad académica adopta el nombre actual (Decreto Universitario N° 3088) con el propósito de lograr una mayor identidad con su quehacer.Actualmente, el Departamento está conformado por 11 jornadas completas (4 Profesores Titulares y 7 Profesores Asociados) con formación a nivel de Magíster, Doctorado y Postdoctorado que desarrollan su investigación en los laboratorios y dependencias ad-hoc. Asimismo, los colaboradores adscritos a nuestra unidad académica se desenvuelven en el área de la gestión administrativa y la asistencia técnica-profesional en los distintos laboratorios de investigación y de docencia, que fortalecen en parte nuestra dinámica departamental.
El actual Departamento de Ciencias Exactas, tiene su origen en el antiguo Departamento de Matemáticas y Ciencias Naturales que existió en la Universidad de Chile, de la Sede Osorno. En octubre del año 1981 y bajo la denominación de Instituto Profesional de Osorno, el Departamento de Matemáticas y Ciencias Naturales se divide dando origen, entre otros, al Departamento de Ciencias Exactas y Naturales, el que se mantiene hasta el año 1987. El año 1988 el Departamento de Ciencias Exactas y Naturales sufre una nueva división formando el Departamento de Educación y Ciencias, que sigue como tal hasta el año 1991. Desde sus inicios y hasta el año 1988 mantuvo adscrito a él la Carrera de Pedagogía en Matemática.
La presencia de las Humanidades y las Artes en la Universidad se remontan a distintos momentos institucionales, primero a la instalación de la sede Osorno de la Universidad de Chile en los años sesenta, la cual dio vida a varios programas de formación y extensión, destacando la capacitación a vastos sectores de trabajadores y a un conjunto de actividades artístico-culturales que se ejecutaban con un alto sentido profesional. Luego, con la Reforma de 1981 surge el Instituto Profesional de Osorno, el cual a pesar de perder su condición universitaria no renunció jamás a las tres funciones esenciales de la Universidad: docencia, investigación y extensión.